Исхак-бегова или Алаџа (Шарена) џамија

Исхак-бег живеел и работел во време на владеењето на султан Мурат II, период на ширење и зацврстување на османлиската власт на Балканот. Во 1438 година тој изградил објект (zâviye) што функционирал како куќа за гости, каде што ги примал и хранел патниците (вклучувајќи и дервиши), како и неговиот персонал. Во вакафнамето на Исхак-бег се споменува како Имарет. Од натписот зачуван на порталот се дознава дека објектот ја загубил својата првична функција и во 1519 година од страна на Мехмед, (син на хаџи Џинџи, а внук на Исхак-бег) бил претворен во конгрегациона џамија (câmiʻ) (џамија во којашто секој петок се одржувале проповеди). Оваа промена најверојатно настанала со политиките водени во XVI век, кои предвидувале воведување на регуларна посета на конгрегациската проповед за населението за кое се верувало дека има хетеродоксни (кривоверни) сфаќања. Притоа била извршена сериозна интервенција на структурата на градбата кога биле додадени два странични кораба и била урната ѕиданата ограда за да може да собере повеќе народ. Подоцна било изградено минаре, а можно е во тој период да бил изграден и тремот. Траги од овие интервенции се видливи и денес, особено на ентериерот на градбата предизвикани од неизбалансираната локација на сводовите меѓу просториите. 
Џамијата била позната под името Исхакија (Ishakiye) по името на својот оснивач. Подоцна била нарекувана Стара Џамија (Cami-i Atik), назив што обично го добивале првите џамии. По проширувањето го добила името Голема џамија (Cami-i Kebir). Називот Алаџа (Шарена), по кој денс главно е позната го добила по мошне богатиот декор што го поседувала, меѓу другото и инкрустрираните разнобојни керамички плочки со кои биле украсени фасадата и тамбурот на џамјата. Овие плочки биле уништени за време на катастрофалниот пожар во 1689 година кога џамијата претрпела огромни штети. Џамијата има масивна дрвена врата на западната страна на која, во плитка резба се изведени ориентални шари. Во ентериерот била сместена и говорницата – минбер (minber) од каде што проповедникот (hatîb) им се обраќал на верниците секој петок. Бидејќи таа првично не била замислена  да служи како место за големи собири, завијето (домот) на Исхак-бег, кое било изградена во форма на буквата Т, не било сместено среде чаршијата кадешто тој ги изградил своите анови и амами, туку во периферниот дел. Инаку, некогаш Алаџа џамија претставувала вистински архитектонски комплекс, кој покрај џамијата го сочинувале и конаци, имарет, медреса и турбе.  
Исхак-бег избрал да гради високообразовна институција во град кој во 1430 година сѐ уште бил во војна. Тој бил вториот османлиски управител на Скопје (по неговиот татко Паша Јигит-бег) и еден од најголемите турски војсководачи. Несомнено бил еден од најголемите градители на јавни објекти од профан и сакрален карактер во Скопје. Имал цел да го развие Скопје во урбан центар, градот во кој била признаена хегемонијата на неговата фамилија. Иако важел за немилосрден човек на военото поле, во цивилниот живот промовирал трговија и култура. 
Неговото вакфие (vakfiye) ни открива дека студентите добивале големи стипендии за студирање на оваа институција. Медресата што низ вековите била славена како една од најпознатите во Румелија и каде живееле и предавале најпознати учители, меѓу кои и славниот турски поет Исак Челебија, имала десет соби (келии), а освен веронаука во неа се изучувале и ориентални јазици, исламско право, филозофија и математика. Во рамките на комплексот, Исхак-бег ја основал и првата позната библиотека (ќутунбхане) во Скопје, која во 1445 год. ѝ ја завештал на џамијата.
Со изградбата на џамијата започнало да се формира и стамбено јадро околу неа.  Тој простор бил познат под називот „Големи куќи“ (Büyük evler) и „Куќите на Исхак-бег“ (Ishakiye evleri). Tоа укажува дека тука се наоѓале дворците, конаците и сараите на овој краишки командант и неговите наследници, кои со векови го наследувале мутевелиското право над големиот вакаф на Исхак-бег и неговиот син Исa-бег. Подоцна ова маало било познато и како „Маало на беговите“ (Beyler mahallesi).
Со текот на времето амбиентот околу Алаџа џамија многу се изменил, а со реализирање на урбанистичкиот план на градот, џамијата се нашла покрај крстосница на две големи сообраќајници. Со тоа исчезнал голем дел од оформеното старо градско јадро и дел од чаршијата познат како „Алаџа чаршија“.