Плаошник уште во старохристијанскиот период бил многу почитуван простор. Тука имало голема поликонхална црква и уште една петобродна базилика, двете со крстилници, украсени со ранохристијански мозаици, откриени во поново време. По варварските пустошења и потреси, старата триконхална црква ја обновил свети Климент и тука основал манастир, за што сведочи и житието на светителот напишано од охридскиот архиепископ Теофилакт. Тука, во манастирскиот комплекс, свети Климент започнал голема просветителска и книжевна дејност (во науката позната како Охридска книжевна школа). На тој начин, всушност, се развил првиот словенски универзитет од каде се ширеле словенските писменост, уметност и култура.

Светиклиментовата црква потоа била обновувана и живописувана (од XIII – XV век) на истите темели. Така функционирала до XV век кога манстирската црква и сите конаци биле разурнати од страна на османлиите, кои врз ѕидовите на црквата подигнале исламски објект – Султан Мехмед џамија. Овој објект функционирал некое време, за потоа да биде оставен на милост и немилост на времето.

Во 1942/43 година на тој простор се започнати првите археолошки ископи и истражувања, кога се откриени остатоците од старата црква на свети Климент посветен на свети Пантелејмон и гробот на светителот. Во 1964 до 1967 година се извршени дополнителни археолошки ископувања кога е извршена и конзервација на остатоците од Светиклиментовата црква.

По повод јубилејот „2000 години христијанство во Охрид и Македонија“, на иницијатива на г. Тимотеј, претстојател на Дебарско-кичевската епархија, во почетокот на 1999 година беше прифатена идејата за возобновување на Светиклиментовата манастирска црвка „Св. Пантелејмон“. Таа целосно е возобновена до крајот на јули 2002 година, на истите темели од времето на свети Климент (IX век) и доградбите (параклисите, северниот и јужниот трем и камбанаријата од XIII-XV век).

Манастирската црква е тролисна (триконхална) со наос (централен брод), нартекст (припрата) со галерија, северен трем, јужен отворен трем, кубе над олтарниот простор, кубе над централниот простор и камбанарија на западниот дел. Во составот на манастирската црква се наоѓаат и два параклиси од кои, едниот е посветен на светите пустиножители Јоаким Осоговски, Јован Рилски, Гаврил Лесновски и Прохор Пчински, а другиот е посветен на свети Ахил Лариски.

Во внатрешноста има зачуван фрескоживопис од времето на нејзиното обновување (XI-XII век, XIII-XIV), а отатоци од постари фази на подови кои денес се презентирани со подни стаклени површини. Стариот под во олтарниот простор и во наосот е возобновен со мермер вез основа на остатоци од стариот оригинален под. Поставен е мермерен иконостас и резбани царски двери. Во внатрешноста на црквата се наоѓа и гробот на свети Климент каде што се чуваат неговите мошти. На ѕидовите од северниот трем презентирани се откриените фрагменти од фрескоживописот на старата црква.

На 8 август 2005 година митрополитот Тимотеј го освети мозаикот со ликовите на свети Климент и на свети Пантелејмон, кој се наоѓа над влезната врата од западната страна на манастирската црква. На 9 август 2006 година надлежниот митрополит Тимотеј во сослужание на митрополитот Агатангел го освети мозаикот со ликот на свети Климент, кој е поставен на северната влезна врата од манастирската црква.

Во мај 2007 година повторно се започнати обемни археолошки истражувања на целиот простор околу црквата, при што се откриени сите пропратни објекти. По завршувањето на археолошките истражувања, во 2010 година, е поставен камен-темелник за возобновување на Светиклиментовиот универзитет, по чие завршување целиот комплекс ќе го добие својот автентичен лик. На тој начин продолжува да биде жив сведок за мисијата и делото на свети Климент, и со својата духовно-благодатна светлина, што извирала и што извира од него, и понатака ќе го просветлува целиот словенски и православен свет.