Најубавиот бисер на Охридското Езеро се наоѓа на карпа над езерскиот брег. Со својата убавина и со својата духовна светлина постојано ги гали бистрите езерски води и ги просветлува сите оние што со вера приоѓаат во него.

Според записите и житијата, свети Наум црквата ја изградил во 900 или во 905 година и ја посветил на свети архангели Михаил и на сите небесни бестелесни ангелски сили. Не е познато од кога е преименуван, но уште во 1630 година во тогашна Русија овој манастир бил познат под сегашното име. Што значи многу е веродостоен ставот дека по смрта на ктиторот, свети Наум, и поради големиот култ кон него манастирот го добил сегашното име.

Според својата форма манастирската црква е триконхална. Првобитната црква што ја изградил свети Наум била рушена, според некои во XV или во XVI век, а според други кон крајот на XVIII век од страна на Али Паша Јанински. Од старата манастирска црква зачувани се значајни глаголско-кирилски натписи издлабени на столбовите од трибелонот, и воедно сведочат за најстарата словенска писменост. Јеромонахот Григориј од Москополе, во втората половина на XVII век го обновил манастирот при што изградил две ќелии, ја уредил црквата која потоа била осветена и го изградил пронаосот. Сегашната црвка е градена и доградувана на темелите од старата црква, и тоа во две етапи. Во првата епата се градени наосот и нартексот, а во втората етапа двете куполи над нартексот и над наосот. Еден од најзаслужените за возобнувањето на манастирот бил игуменот Стефан од Филиполе. Тој ја изградил куполата над капелата каде што се наоѓа гробот на свети Наум. Во негово време се фрескоживописале црквата и гробната капела. Според одредени научници манастирските конаци се изградени во негово време, а некои мислат дека истите се изградени за време на неговиот претходник, игуменот Гаврил – јеромонах од Москополе. Подоцна, по доаѓањето на игуменот Хаџи Дионисие Анадолец во 1809 година, во манастирскиот комплекс биле изградени значајни објекти. Во 1875 година, според сведоштвото на летописот на Димитрија Петру од Охрид, до темел бил изгорен најголемиот дел од манастирскиот комплекс. Меѓутоа, пак се мислело на неговата обнова, што се случило набргу.

Бидејќи во манстирот секогаш се водело сметка да се одржи духот на свети Наум и неговото дело, во 1881 година се изградила нова зграда за потребите на училиштето. Во тоа училиште, во 1830 година учел и преродбеникот Димитрија Миладинов, а настава следеле околу 20-30 ученици од поблиските и од подалечните места. Манастирот располагал и со богата библиотека. Меѓутоа, поради дејствување на разните пропаганди, многу словенски ракописи, од кои некои создадени тука, се уништени.

Кога станува збор за гробниот параклис, некои сметаат дека тој е од времето  кога бил погребан свети Наум, додека други сметаат дека тој бил отворен кон манастирскиот двор и сегашниот облик го добил во XIX век.

Според истражувањата црквата била фрескоживописана по 1400 година на што упатува еден фрагмент најден под подот на сегашната црква. Денешниот фрескоживопис е дело на зографот Трпо, син на зографот Константин од Корча, за време на игуменот Стефан. Гробниот параклис е живописан во 1800 година, и во него доминираат сцени од животот и чудата на свети Наум. Исто така, треба да се забележи дека во гробниот параклис се наоѓа и портретот на игуменот Стефан, како и на монахот Ефтимиј кој се обидел да ги открие моштите на свети Наум. Додека, пак, наосот е фрескописан по шест години, за што сведочат еден ктиторски натпис како и натписот над западната зграда. Истиот претставува продолжение на нашата богата традиција која била инспирација на зографот Трпо. Наосот е исполнет со многу композиции и сцени од големите празници, а во олтарниот простор се претставени ликовите на великите архиереи, причестувањето на апостолите и Богородица со Христос.

Престолните и празничните икони како и иконостасот во резба се дело на зографот Константин, а според записите нивната изработка завршила во 1711 година. За тоа сведочи записот од поменикот, каде што пишува: „Овие икони се живописани за време на пресветиот и преблагословениот игумен кир Гаврил и неговите сопатници јеромонахот Хиерофант и Теодосија, од раката на зографот Константин 1711 година“. Иконостасот е еден од најрано датираните иконостаси во XVIII век и претставува одлично уметничко остварување, а особено се издвојуваат царските двери и крстот на иконостасот.

По враќањето на манстирот под закрила и грижа на Црквата, односно на Дебарско-кичевската епархија, што се случи на 3 април 1991 година, митрополитот Тимотеј благослови во него повторно да се врати монашниот живот, предавајќи му ги клучевите од манастирот на јеромонахот Нектариј. На 19 мај 1991 година, од страна на пастироначалникот на Дебарско-кичевската епархија г. Тимотеј, во сослужение на старешината на манастирот, јеромонахот Нектариј и други свештенослужители, е извршено преосветување на манастирската црква. Оттогаш започнува и целосната преродба на манастирот „Св. Наум Охридски“.